根据全省内河港口码头环保问题整改工作总体部署和要求，经市政府同意，日前，市交通运输、生态环境、行政审批部门联合印发《南通市内河港口码头环保问题整改工作方案》，全市内河码头环保设施须于2020年12月20日前全部整改到位，并由交通运输和生态环境部门联合确认达标；2021年2月10日前，全面完成内河码头环保手续完善工作。
内河码头完善环保手续、规范提升环保设施是长江经济带船舶和港口污染突出问题整治的重要内容，是落实习近平生态文明思想和“长江大保护”要求的重要举措。据统计，我市共有沿江、内河港口码头412个，其中内河港口码头353个，虽然全部具有初期雨水、生产废水、生活污水收集处置和防风抑尘等环保设施，但完善程度不一，有待进一步核查确认；由于历史原因，155个内河码头尚无环保手续，或手续不完善，须限期整改。
11月20日，市交通运输局、市生态环境局、市行政审批局联合对全市内河港口码头环保问题整改进行动员部署，建立了市级整治工作专班，建立了多部门会商会办工作机制。市交通运输局建立了常态化专项督查机制，组成三个督查组，落实分片包干责任，每周不少于一次，分别对各县（市）、区进行督查指导，对整改任务重、进度滞后的地区将进行重点帮扶督导。
目前全市码头现状底数已全面摸清，并确认上报。市交通运输、生态环境部门已共同制订出台《全市内河码头环保设施认定标准》，自11月30日起，各县（市）、区交通运输、生态环境部门将据此逐一对辖区内河码头联合开展现场核查认定。对环保设施完善的，进行认定销号；对环保设施暂不达标，但有可能办理环保手续的内河码头责令立即整改，确保12月20日前完成环保设施认可，否则一律吊销港口经营许可证；对不符合环保手续办理相关条件，不可能办理环保手续的内河码头，立即责令关停。
为此，各地已制订核查认定计划，加大人员投入，提高认定效率，严格坚持认定标准，确保认定工作质量。在规范提升环保设施的同时，对于纳入规范整顿类的码头，同步推进环保手续完善工作，抓紧开展环评报告表的编制及报送审批工作；对有环评批复但未开展验收的，指导建设单位抓紧整改，及时开展环保自主验收。市县两级交通运输、生态环境、行政审批等部门将紧密合作，协调开通审批绿色通道，以最简流程、最短时限、最优服务开展环保手续审核批准，确保2021年春节前全面完成企业环保手续完善工作。截至目前，启东37个港口码头已全部具备环保设施及环保手续，待进一步确认，其他地区正加快推进。